Alors que Rubis se remet progressivement de l'affrontement qui l'a opposé à son père, Saphir continue son tour des arènes de Hoenn. Arrivée à Vermilava, elle est victime d'un piège tendu par la machiavélique Team Aqua. Cette dernière est décidée à faire taire la jeune fille, témoin gênant de leur plan pour la domination de Hoenn.
Rubis vient d'emménager dans la région de Hoenn et compte bien assouvir sa passion pour les Concours Pokémon ! Mais ce n'est pas du goût de son père, un sévère champion d'Arène qui préférerait le voir s'entraîner au combat. Rubis va alors fuguer et faire la connaissance de Saphir, une jeune fille au caractère bien trempé qui ambitionne de remporter tous les badges de la région. Les deux jeunes gens vont se lancer un défi : réaliser leurs rêves en quatre-vingts jours !