En protégeant Toki, Haru a été enlevée par les mutants et enfermée dans leur nid : la Skyfall Tower. Kurô refuse de l'y abandonner et trouve un allié en Kippei. Ce dernier est plus que jamais déterminé à mettre fin aux souffrances de son frère, transformé en monstre par l'épidémie. Mais tandis que le groupe tente d'arracher Haru des griffes de leurs ennemis, Nué, la terrifiante créature sur leurs traces, se rapproche inexorablement...
Privés de leur refuge, Kurô, Toki et Haru rejoignent le reste des survivants dans un chalet, sur les hauteurs de la ville. Là, le docteur Asanoda découvre la véritable nature de Toki et l'espoir qu'elle incarne pour l'humanité... mais la fillette attrape une pneumonie. Kurô et quelques hommes partent alors en expédition dans les tréfonds de l'hôpital pour trouver de quoi la soigner. Mais parmi les cadavres qui jonchent le sol du bâtiment abandonné, ils ne sont pas seuls...
Lorsque l'avion dans lequel Kurô, un criminel en transit, est détourné par deux hommes masqués, tout bascule... Alors que les terroristes s'enferment dans le cockpit avec une fillette, Kurô se précipite pour porter secours à l'otage. Mais lorsqu'il entre dans le cockpit, une scène d'horreur s'offre à ses yeux. Une monstrueuse créature ailée vient de massacrer tous ceux qui s'y trouvaient. Seule l'enfant est encore en vie. La liberté est à portée de main, mais pour survivre, Kurô devra payer le prix fort !