Rouge est un jeune garçon plein d'ambition et de fougue. Sa plus grande fierté est d'être considéré comme le meilleur Dresseur de Pokémon des environs de Bourg Palette ! Le Professeur Chen va le convaincre de partir à la découverte de nouveaux Pokémon pour compléter l'encyclopédie les répertoriant : le fameux Pokédex !
Rouge est toujours porté disparu après son combat contre Aldo. Ayant recueilli le Pikachu du célèbre dresseur, Jaune décide de partir à sa recherche. Après avoir suivi le dur entraînement que lui a imposé Verte, Jaune se rend sur l'île Flamboyante pour affronter le conseil 4.
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Grâce à l'aide de Green et Blue, Red est persuadé d'avoir déjoué pour de bon les plans de la maléfique Team Rocket. Toujours décidé à compléter le Pokédex que lui a confié le professeur Chen, il repart sur les routes accompagné de ses Pokémon. Mais Red est loin de se douter des dangers qui l'attendent.