À sa sortie de l'académie de Sorcerisme, la jeune Yôko Amagi est envoyée assister l'agent Kento Nagumo, spécialiste du “soul diving”, une technique qui permet de plonger dans les profondeurs de l'esprit humain. Sa mission : aider les Returners en facilitant leur réinsertion dans la société... mais surtout, éradiquer le bug qui sommeille en eux !
Alors qu'elle se fait peu à peu à sa nouvelle fonction, la Sorceriste est abordée par un certain Shinobu Shinonome, qui lui confie être un ancien Returner révolté par les pratiques de l'institut. Afin de lui montrer l'étendue de ses pouvoirs, il fait exploser un immeuble entier sous les yeux horrifiés de la jeune fille...
Shinobu Shinonome a encore frappé ! Et cette fois, le Returner n'hésite pas à enlever l'agent Amagi... Nagumo et l'équipe du G.I.B., le groupe d'intervention de l'institut de Sorcerisme, s'associent alors pour le traquer et le mettre hors d'état de nuire une bonne fois pour toutes !
Pendant ce temps, sur une île perdue au milieu de l'océan, Amagi se retrouve confrontée à un ancien soldat, ressuscité à la fin de la guerre mais dont l'esprit n'a pas encore été purifié. Sans équipier, la jeune Sorceriste ne peut qu'assister, impuissante, au réveil de son bug... Parviendra-t-elle à tenir bon jusqu'à l'arrivée des renforts ?